浙江省疾病预防控制中心是直属于浙江省卫生厅的公益一类事业单位，预算形式为财政适当补助，机构规格相当于副厅级。主要承担全省疾病预防控制业务技术管理和指导工作，是全省疾病预防控制工作的业务技术指导中心、检验检测中心、科研培训中心和信息管理中心。对外挂牌浙江省公共卫生研究院、浙江省卫生检验监测中心和浙江省中毒控制中心，并获准设立博士后科研工作站。中心目前占地面积约58亩，总建筑面积约45000m2，拥有国内领先的办公及实验用房设施，有优良的工作环境。
浙江省疾控中心内设职能处室6个、业务所11个。截止2013年10月底，中心共有在职在编人员377人，其中硕士以上学历/学位人员占48.4%，拥有博士39人（博士后4人）。中心还拥有省部级突出贡献中青年专家、省千人计划、享受国务院特殊津贴、省“151”人才、省卫生高层次人才等一大批专家。中心具备良好的科研工作基础，截至2013年5月底，已获得各类科技项目439项，科研经费8000多万元，科技成果110项，国家专利20余项，新药证书5项，发表论文2072篇，其中SCI收录论文101篇，出版著作 46 本。目前有1个省重点科技创新团队，3个省级重点实验室。建有2套独立的BSL-3实验室，23个BSL-2实验室和6套标准的PCR实验室。现有认可项目涉及23个领域1045项，具备利用1709个标准对外出具检测结果的能力；获得资质对外可以出具公证数据的食品检验项研究生人才招聘目464项、生活饮用水检验项目106项。
多 年来，中心积极贯彻“预防为主”的方针，本着“和谐、求实、奉献、创新”的组织精神，以“促进全民健康”为出发点，以创建“一流的管理、一流的人才、一流 的技术、一流的绩效”为目标，不断提高管理效能和业务技术能力，积极推进信息化建设、科技创新和人才培养。先后获得全国总工会“抗震救灾、重建家园‘工人 先锋号’”、“全国文明单位”、全国“模范职工之家”以及“浙江省‘五一’劳动奖状”等集体荣誉称号。
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